人类基因组计划
两种方式构建基因组图谱
- hierarchical sequencing，BAC文库测序
- shotgun sequencing，鸟枪法测序
二代测序仪
三代测序
- pacbio
- nanopore
Pair-wise Alignment
Blast
Bowtie: short reads mapper
Burrows-Wheeler Aligner (BWA)
物种间的相似性和差异性
高通量测序与分析-基因多态性与变异
测序数据比对：高通量测序产出序列⇒
sequencing error or polymorphism? 可以根据测序深度进行判断，有可能是error或者rare variant
Single-Nucleotide polymorphism(SNP) DNA序列variation（多样性）
同种群体内个体基因组存在大量的变异和多态性-SNP
GWAS (Genome-wide association study)
- SNP, Copy Number Variation, Mutation, Structural Variation
- association with disease
Exosome sequencing (外显子捕获测序)
- 1% of the human genome
- most functionally relevant and most likely to cause phenotypes
Somatic mutations
- 大象有特别多p53 genes，所以不容易得癌症
- 癌症难以用统一的方法治疗：因为不同的人突变的位点都不同
- 快速繁殖、angiogenesis、免疫逃逸
Targeted therapy
- KRAS：知名原癌基因。而且有frequent hotspots。解决它可以解决30%以上的癌症。
- 鼠类肉瘤病毒癌基因
Copy-number variation (CNVs)
- structural variation
Herceptin to target HER2+ cancer cells：第一个抗体药。
RNA分型治疗