computational biology
- design/use algorithm/methods to understand biology
- investigate biology with computational and systematic viewpoints
nuclear acid data > protein data
- 机制/基础 突破
- 临床用途
结构基因组学揭示基因组序列信息
人类基因组计划催生了生命科学的爆发式发展
测序技术的发展
- DNA ⇒ RNA ⇒ Epi
- DNA测序：
- sequence
- cell，随机突变，发现gene。一个gene一个性状
- 罕见病，rare variant (single mutation)
- RNA：
- transcript number
- expression level, MS
- Epi：甲基化、乙酰化
- 转录调控：转录调控比较难，因为有些转录因子的结合非常短暂。CHIP-seq也有时不准。
- modified DNA/RNA region
- panel ⇒ whole gene ⇒ single cell ⇒ spatial
- panel：若干个gene
- whole gene
- single cell
- spatial：空间转录组。计算肿瘤。新兴。主要分为测序和成像。
- 技术 ⇒ 分析 ⇒ 实验 （最好都能做。）
- 技术：
- larger panel：更大的panel
- resolution：空间转录组成像。取样精度目前已经到2um（亚细胞，可以测核内外RNA差别）。
- multiplex：对single cell同时测DNA+RNA（或者RNA+Epi等）
- single cell：现在除了蛋白应该都能做了。关键是亚细胞水平。
- spatial
- 分析：
- New tool for new data type (choice?)：了解技术lab、还未发表的成果、stay aware。方向布局，taste
- processing pipeline
- 补齐数据缺点
- 应用技术
- Benchmarking 5-10 tools available：针对一个数据类型，如果有了3-5篇技术文章，可以做benchmarking。太卷、技术含量低。
- Cohort - Consortium (new cohort)：千人万人基因组、brain altas
- Multiplex integration：DNA+RNA, single cell+spatial
- Large language model (domain)
- 暴力学会词语间的关系。
现在能做单细胞的就做单细胞，不然就是向spatial做。
计算生物学：
- biological study design：identify data/biological question
- Tool development
- Bioinformatics analysis
CRISPR screening：高通量的gene knockout对功能和性状的影响。
- 设计一个实验
- 找到一个靶点
- 发现机制。
NK screen